Prolífico y polifacético autor ilustrado, sus obras abarcan desde la poesía a la oratoria, pasando por la narrativa, la pedagogía, la historia, la investigación, la historia natural, el teatro y el periodismo. Sin embargo, su figura es conocida sobre todo por sus Noticias de la Historia General de las Islas Canarias y su Diccionario de Historia Natural de las Islas Canarias.

Su amor por la lectura lo llevó a escribir, cuando solo contaba 14 años, Vida del Noticioso Jorge Sargo, que no es otra cosa que una especie de adaptación a su entorno insular de la obra picaresca Guzmán de Alfarache, de Mateo Alemán.

Aunque, en un principio, trata de destacar como poeta con obras como el poema épico Los Vasconautas, algunos poemas laudatorios , muchos de intención didáctica, como Los meses, y otros de un carácter irónico como el dedicado a la Laguna, Chulada Burlesca a la perdurable intemperie de la Ciudad de La Laguna, y a pesar de sus conocimientos de la métrica y de los recursos poéticos, no consiguió l o deseado, aunque fue un referente para los escritores de su tiempo pues es la parte menos valorada de su producción.

Siendo su vertiente prosista la más apreciada, ya que, en las dos obras citadas al principio de este apartado, sienta las bases para los estudios historiográficos posteriores, también hay que destacar su labor como periodista en publicaciones como Papel Hebdomadario, Memorias del Síndico Personero, o la Gaceta de Daute.

La Tertulia de Nava, con sus discusiones sobre lecturas diversas, sus interés científicos, históricos etc., supuso para Viera y Clavijo la oportunidad de avanzar en sus conocimientos y encontrar apoyo para sus proyectos sobre la historia de Canarias y el estudio de la naturaleza de las Islas. De hecho, con la excusa de un “ congreso” celebrado por los tertulianos en la comarca de Daute, Viera y Clavijo fundó la Gaceta de Daute, donde los tertulianos dejaron constancia de su observación de la vida cotidiana de los habitantes de la zona, así como ciertas críticas al orden social establecido.

Su descubrimiento de Voltaire, Rousseau y Feijoo, sobre todo de este último sería fundamental para reafirmarse en sus ideas renovadoras. De ahí que su espíritu ilustrado se observe sobre todo en la investigación sobre la naturaleza y la historia de Canarias.

En la introducción a la Historia de Canarias hace un análisis crítico de los autores que, anteriormente habías escrito sobre ella, como Núñez de la Peña, Antonio de Viana, o Bartolomé Cairasco de Figueroa, que, aunque con buena intención, sus escritos estaban llenos de errores e inexactitudes, por lo que Viera afirma que sus escritos «no solo presidirán en su composición la verdad, la imparcialidad y la modestia, sino la razón y el buen juicio.»

Su espíritu enciclopédico y rousonia no, lo lleva, en su Historia de Canarias, a preocuparse por intentar entender y hacer comprender al futuro lector, la cultura y civilización de los primeros pobladores de las Islas, lo que lo diferencia del resto de los historiadores y cronistas.

Ya en su madurez, publica su segunda obra cumbre, Diccionario de la Historia Natural de las Isla Canarias (1799), donde el ejemplo a seguir es el del Diccionario de Historia Natural de Valmont de Bomare (1775). Así, su investigación la hace a base  e recopilar datos “in situ”, una labor que realiza solo o acompañado de algunos ayudantes. De está manera completa una extensa nómina de animales, plantas y minerales de Canarias, descubriendo las posibilidades de estas islas como laboratorio natural.

Aunque la ingente obra de José de Viera y Clavijo ha tenido diferentes juicios críticos y acogidas, no cabe la menor duda de que es una referencia no solo para las Islas sino para todo el ámbito nacional e internacional, por el carácter erudito, divulgador y renovador de su obra.